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六氟锑酸钠还可用于替代有机氟化物在医药中的应用，它具有一些不一般甚至是非常特殊的物理化学性质，这是由于氟原子虽然与氢原子大小相似，但却具有很大的电负性，氟的引入不会使分子发生明显的立体构型变化，但使分子的电子性质产生很大的改变，能很好的用于药物的各种转换，增加生物利用度。而五价锑与氟离子的牢固配对键，使其十分稳定，拥有一定的生物惰性，不参与任何生物转换，致使其能够用作医药中间体而不对生物体产生任何影响。

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